Flygvapenmuseum leds av museichefen och består av två enheter - samlingsenheten och publika enheten.
Samlingsenhetens uppgifter
Omfattar bl.a. insamling, registrering, vård och konservering, magasinering, 
depositionshantering och lån, föremålsinriktad kunskapsfördjupning, bibliotek och arkiv.
Publika enhetens uppgifter
Omfattar bl.a. program- och skolverksamhet, visningar, reception, butik, konferens, marknadsföring, kansli och produktion samt drift och säkerhet av utställningar.