Flygvapenmuseum ingår tillsammans med Armémuseum i myndigheten Statens försvarshistoriska museer (SFHM).
Statens försvarshistoriska museers uppgifter enligt förordningen (2007:1178) med instruktion är bland annat:
Statens försvarshistoriska museer har till uppgift att främja kunskapen om det svenska försvaret genom tiderna och om försvarets roll i samhällsutvecklingen. I myndigheten ingår Armémuseum och Flygvapenmuseum samt Försvarets traditionsnämnd. I fråga om sjöförsvaret skall myndigheten i lämplig omfattning samråda med Statens sjöhistoriska museer.
Myndigheten skall särskilt:
Läs hela uppdraget på Sveriges Riksdags webbplats.